March 29th, 2020

мышь

Георгий Базыкин Протокол эпидемии: что может сказать биоинформатика о вспышке nCoV

Мы находимся в разгаре эпидемии новой опасной инфекции, но достоверной информации о ней мало. В этой ситуации помогает молекулярная эпидемиология. Ход накопления мутаций эволюционирующим вирусом позволяет оценить важные параметры эпидемии даже при неточных официальных данных.
Сравнивая организмы друг с другом, эволюционные биологи многое могут узнать про их историю. Больше всего материала для сравнений содержится в нуклеотидных последовательностях, в случае коронавирусов — в последовательностях РНК. Текущая вспышка — пожалуй, первый случай возникновения нового патогена, когда генетические данные есть почти с самого начала. Первая последовательность «нового» коронавируса (nCoV) появилась в открытом доступе всего через несколько недель после описания первых случаев; для сравнения: при вспышке SARS (тяжелого острого респираторного синдрома, также вызываемого коронавирусами) 2002/2003 года первых последовательностей пришлось ждать много месяцев. На рис. 1 показано эволюционное дерево коронавирусов...
ПРОДОЛЖЕНИЕ